Wie bislang auch in der Bundesliga hat Bayer im Pokal, in dem Rekordsieger Bayern München und Titelverteidiger RB Leipzig bereits gescheitert sind, gute Aussichten auf den zweiten Triumph nach 1993. In der Europa League steht die Werkself zudem im Achtelfinale. Für den Bundesliga-Tabellenführer erzielten Victor Boniface (12.), Weltmeister Exequiel Palacios (28.) und Patrik Schick (87.) die Treffer. Sebastian Klaas (83.) gelang der zwischenzeitliche Anschluss.
Alonso veränderte seine Mannschaft im Vergleich zum 1:1 gegen Borussia Dortmund am Sonntag auf fünf Positionen. Der Spanier tauschte seine komplette Dreierkette aus, im Tor startete wie erwartet Ersatzkeeper Matej Kovar. In der Offensive bekam Nationalspieler Jonas Hofmann zunächst eine Pause, für ihn begann Amine Adli. Der genesene Schick saß anfangs ebenfalls auf der Bank.
Paderborns Coach Lukas Kwasniok hatte vor der Partie gefordert, sein Team solle die Partie möglichst lange offen halten. Das misslang jedoch früh.
Die Werkself zeigte von Beginn an ihr gewohnt starkes Pressing, die Gäste begannen zwar mutig und mit einer Chance durch Kai Klefisch (3.), wenig später traf Bayer aber gleich mit der ersten Möglichkeit. Bayern-Leihgabe Josip Stanisic flankte auf Boniface, der den Ball per Direktabnahme in die lange Ecke schob.
